現行可適用之租稅優惠應如何申請

除促進產業升級條例之租稅優惠於98年12月31日施行期滿外，目前公司   尚可適用之租稅優惠有資源回收再利用法(第23條第2項)、發展觀光條例(第50條)、生技新藥產業發展條例(第5條及第6條)、促進民間參與公共建設法(第36條、第37條及第40條)、獎勵民間參與交通建設條例(第28條、第29條及第33條)、產業創新條例(第10條)、文化創意產業發展法(第27條)、都市更新條例(第49條)、新市鎮開發條例(第14條及第24條)、中小企業發展條例(第35條、第36條之2)、自由貿易港區設置管理條例(第29條)及國際機場園區發展條例(第35條)。以下茲就較常用之租稅優惠如何申請說明之：

（一）產業創新條例之研究發展支出投資抵減：

1.產業創新條例第10條規定，公司在同一課稅年度內得在投資於研究發展支出金額15%限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額，並以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅額30%為限。

2.產業創新條例第10條授權訂定之「公司研究發展支出適用投資抵減辦法」(以下簡稱研發投抵辦法)第12條規定，公司申請適用該研發投資抵減者，應於辦理當年度結算申報期間開始前3個月起至截止日內，檢具有關文件，向中央目的事業主管機關（以下簡稱事業主管機關）申請認定其當年度研究發展活動是否符合研發投抵辦法第2條及第3條規定，始取得適用投資抵減獎勵之基本資格。

3.公司若有(1)專為用於研究發展所購買或使用之專用技術；(2)專為用於研究發展所購買之專業性或特殊性資料庫、軟體程式、系統；(3)委託國外大專校院或研究機構研究，或聘請國外大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用；(4)公司與國內、外公司共同研發等之支出須申請專案認定者，應與研究發展活動認定之申請案併案向中央目的事業主管機關提出申請。

4.專用技術及公司與國內、外公司共同研發之支出，逾期未提出專案認定申請者，得於費用之攤折或分攤年限內依前述規定期限提出，經核准者，其尚未攤折或分攤之支出自提出申請之前一年度起適用。

5.公司從事研究發展支出申請適用投資抵減者，除於規定期限內向事業主管機關申請外，尚應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，填報營利事業所得稅結算申報書（租稅減免部分）第10-1頁及第15-2頁，並檢附規定文件，送請公司所在地之稅捐稽徵機關核定其投資抵減稅額。如填報之資料有疏漏，得於所得稅法規定申報期限   屆滿前補正；其逾期未補正者，稅捐稽徵機關得不予受理。

（二）中小企業發展條例之研究發展支出投資抵減：

1.中小企業發展條例第35條規定，中小企業之公司(以下簡稱中小企業)得選擇以下列方式之一抵減應納營利事業所得稅額，並以不超過該中小企業當年度應納營利事業所得稅額30%為限：

(1)於支出金額15%限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額。

(2)於支出金額10%限度內，抵減自當年度起3年內各年度應納營利事業所得稅額。

抵減方式應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時擇定，在當年度結算申報期間屆滿後不得變更。

2.中小企業發展條例第35條授權訂定之「中小企業研究發展支出適用投資抵減辦法」(以下簡稱中小企業研發投抵辦法)第12條規定，中小企業申請適用該研發投資抵減者，應於辦理當年度結算申報期間開始前3個月起至截止日內，檢具有關文件，向中央目的事業主管機關（以下簡稱事業主管機關）申請認定其當年度研究發展活動是否符合中小企業研發投抵辦法第2條、第3條及第4條規定，始取得適用投資抵減獎勵之基本資格。

3.中小企業若有(1)專為用於研究發展所購買或使用之專用技術；(2)專為用於研究發展所購買之專業性或特殊性資料庫、軟體程式、系統；(3)委託國外大專校院或研究機構研究，或聘請國外大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用；(4)中小企業與國內、外公司共同研發等之支出須申請專案認定者，應與研究發展活動認定之申請案併案向中央目的事業主管機關提出申請。

4.專用技術及中小企業與國內、外公司共同研發之支出，逾期未提出專案認定申請者，得於費用之攤折或分攤年限內依前述規定期限提出，經核准者，其尚未攤折或分攤之支出自提出申請之前一年度起適用。

5.中小企業從事研究發展支出申請適用投資抵減者，除於規定期限內向事業主管機關申請外，尚應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，填報營利事業所得稅結算申報書（租稅減免部分）第10頁及第15-3頁，並檢附規定文件，送請公司所在地之稅捐稽徵機關核定其投資抵減稅額。如填報之資料有疏漏，得於所得稅法規定申報期限   屆滿前補正；其逾期未補正者，稅捐稽徵機關得不予受理。

（三）生技新藥產業發展條例之研究發展支出及人才培訓支出投資抵減：

1.公司得在投資於研究與發展及人才培訓支出金額35%限度內，自有應納營利事業所得稅之年度起5年內抵減各年度應納營利事業所得稅額；生技新藥公司當年度研究與發展支出超過前2年度研發經費平均數，超過部分得按 50%抵減。其每一年度得抵減總額，以不超過該生技新藥公司當年度應納營利事業所得稅額50%為限。但最後年度抵減金額，不在此限。

2.公司符合生技新藥公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法第2條第1項規定之要件者，得檢具文件、資料，向經濟部申請審定為生技新藥公司：經審定為生技新藥公司者，經濟部核發生技新藥公司之審定函自核發之次日起5年內有效，屆期失其效力。

3.公司應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，檢附經濟部核發之生技新藥公司審定函，填報營利事業所得稅結算申報書（租稅減免部分）第10頁及第15-1頁，並檢附規定文件，送請公司所在地之稅捐稽徵機關核定其投資抵減稅額。如填報之資料有疏漏，得於所得稅法規定申報期限屆滿前補正；其逾期未補正者，稅捐稽徵機關得不予受理。

（四）股東投資抵減：

公司創立或擴充若符合生技新藥產業發展條例(第6條)、促進民間參與公共建設法(第40條)、獎勵民間參與交通建設條例(第33條)之規定，申請以股東投資抵減，抵減股東當年度營利事業所得稅者，應取得公司所在地稅捐稽徵機關核發之股東投資抵減證明書，並於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，檢附股東投資抵減證明書正本一併申請之。

（五）機器、設備及技術投資抵減：

公司若符合促進民間參與公共建設法(第37條)、獎勵民間參與交通建設條例(第29條)、新市鎮開發條例(第14條)之規定，申請以機器、設備及技術投資抵減，抵減當年度營利事業所得稅者，應事先取得事業主管機關核發機器、設備及技術投資抵減證明書，並於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，檢附自動化機器、設備及技術投資抵減證明書正本及購買之相關憑證一併申請之。

（六）中小企業發展條例增僱員工薪資費用加成減除：

1.中小企業發展條例第36條之2規定，經濟景氣指數達一定情形下，新投資創立或增資擴展之中小企業達一定投資額，增僱一定人數之員工且提高該企業整體薪資給付總額時，得就其每年增僱本國籍員工所支付薪資金額之130%限度內，自其增僱當年度營利事業所得額中減除。

2.依中小企業發展條例第36條之2授權行政院已訂定「中小企業增僱員工薪資費用加成減除辦法」，中小企業符合相關要件，依該報法第6條規定，欲申請適用增僱員工費用加成減除之租稅優惠者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，檢具申請書、切結書及相關證明文件，送請公司或商業登記所在地之稅捐稽徵機關核定加成減除營利事業所得稅之數額，並填報營利事業所得稅結算申報書（租稅減免部分）第10頁及第18頁。如填報之資料有疏漏，得於所得稅法規定申報期限屆滿前補正；其逾期未補正者，稅捐稽徵機關得不予受理。

更新日期：2015/05/14