財政部97年10月17日台財稅字第09704552910號令釋示，公司以股份為對價進行合併，其合併基準日在98年1月1日以後者，合併消滅公司股東獲配「股份對價」，應計算股利所得（投資收益），依規定課徵所得稅。惟因合併作業之複雜性，於實務適用上，對於合併消滅公司股東獲配「股份對價」之價值認定尚有疑義，爰將於近日內發布補充解釋，規定所稱股份對價之價值，應以確定換股比例時所定合併對價價值認定，亦即以存續公司於合併基準日實際入帳之收購成本(即所取得淨資產價值)金額為準。

　　財政部指出，公司進行合併過程中，為客觀認定合併價值，將依據各種評價方法或依相關資訊進行評估，作為交易基礎，並透過換股比例之協商決定，使收購公司所發行股份總價值代表被併購公司之價值，考量併購交易中對該等發行股份所評價及議定之交換價值，既經併購雙方同意且具有相關計算依據及評價資料可稽，其應代表股份對價之真實價值。實務上議定換股比例雖常係基於某一價格範圍之評價結果而非單一價格，惟存續公司於合併基準日其收購成本應已確定，俾配合辦理其取得被併購公司淨資產價值之入帳會計事宜，復依「公司申請登記資本額查核辦法」第2條規定，公司申請合併等變更資本額登記，應檢送合併基準日經會計師查核簽證之資產負債表供主管機關查核，該確定之入帳金額(總價及每股價值)具有明確資料可稽，因此，消滅公司於合併基準日應以存續公司於該日實際入帳之收購成本(即所取得淨資產價值)金額為準，計算股份對價之價值，並依該部97年10月17日令規定計算其股東之股利所得(投資收益)。

　　財政部進一步說明，以現金為對價進行之合併，其現金對價之金額係根據合併雙方所達成之實際評價及議定結果所決定，故以股份為合併對價者，其價值亦應以合併雙方所達成之實際評價及議定結果為準，俾使二者課稅待遇一致。至於以股份為對價進行之合併，自合併雙方依評價結果決定換股比例起，至實際合併基準日之間，縱有雙方公司上市(櫃)股價因市場因素發生漲跌，因非屬其合併契約得調整換股比例之事由，應不影響既定合併總價及股份對價之價值。

　　財政部進一步說明，鑑於合併雙方評定之合併價值及存續公司之入帳基礎影響消滅公司股東之股利所得計算，若有藉由操縱評價以規避或減少消滅公司股東納稅義務之情形，稽徵機關仍將依企業併購法第42條規定按交易常規或依查得資料予以調整。