南區國稅局表示，政府向營業人徵收土地或取得永久使用地上權所給付之補償費，依財政部75年8月16日台財稅第7561195號函及93年10月19日台財稅字第09304548670號令規定，該等補償費非屬營業人之銷售額，應免開立統一發票並免徵營業稅。惟政府依法徵用私有土地作臨時使用，於徵用期滿後即將土地交還土地所有權人，則營業人取得之補償費是否比照上開函令辦理，不無疑義。
　　為此，財政部於99年6月9日發布台財稅字第09904065260號令釋該等臨時徵用行為，仍屬政府以強制手段於特定期間內使用私有土地，且土地所有權人不得拒絕，故政府支付之補償費乃係補償營業人於徵用期間之所失利益，非屬營業行為，應與前揭函令為一致處理，故亦應比照免予開立統一發票並免徵營業稅。至政府以「協議」方式取得土地使用權，雖非以徵用方式取得土地，惟雙方若未達成協議，政府仍得依土地徵收條例徵用，是不論係以協議或強制徵用方式取得土地使用權，營業人所取得之補償費均免開立統一發票及免徵營業稅。
　　該局進一步指出，上開取得之補償費，雖非屬營業人之銷售額，但仍應依所得稅法第24條規定以其他收入列帳，並得核實減除必要成本及相關費用。另政府給付該補償費得免予扣繳所得稅款，但仍應依同法第89條第3項規定，列單申報主管稽徵機關及填發免扣繳憑單。