個人為雇主的目的執行職務而支領的加班費，如未超過勞動基準法第24條及第32條規定，即延長之工時連同正常工作時間，每日不得超過12小時，每個月不得超過46小時，在規定限度內支領之加班費可免納所得稅；另於國定假日、例假日及特別休假日執行職務而支領之加班費，其加班時數可不受每月平日延長工作總時數限制，只要每單位計算金額符合上開規定標準範圍者，亦可免納所得稅。
但定額給付加班費的部份，是屬於津貼性質仍應計入薪資所得，不適用免稅規定。

若發現公司給付之薪資所得扣免繳憑單含有免稅之加班費時，應儘速向公司查證，由公司檢具加班記錄及支付證明等相關文件向所屬稽徵機關辦理更正。民眾取得正確資料後再行申報，以減少日後徵納雙方困擾。