立法院三讀通過並經總統於103年6月4日公布增訂並修正「中小企業發展條例」部分條文，為實質鼓勵中小企業研發創新及無法達到現行產創條例獎勵門檻的情況，修正中小企業研發創新租稅抵減優惠、增加技術入股緩課稅條款及增聘員工減稅方案，惟若產創條例中有同質之租稅優惠，中小企業僅能擇一適用，以免重複獎勵情形。相關法令修正適用比較表說明如下：

項目

中小企業發展條例

產業創新條例

適用對象

中小企業(註)

農業、工業及服務業等各行業

研發支出抵減率及抵減期限

以下列方式擇一抵減，並以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅額之30%為限，且一經擇定，不得變更。

1.按研究發展支出金額之15%抵減當年度稅額。

2.按研究發展支出金額之10%抵減稅額，抵稅年限為3年。

(修訂條文第35條)

按研究發展支出金額之15%抵減稅額，並以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅額之30%為限。以研究發展支出當年度抵減，不可延用。(第10條)

智慧財產權作價投資(延遲課稅)

1.中小企業及個人以其享有所有權之智慧財產權讓與非屬上市、上櫃或興櫃公司，所取得之新發行股票，免予計入該企業或該個人之當年度營利事業所得額或綜合所得額課稅。

2.後續如轉讓、贈與或作為遺產分配時，應將全部轉讓價格，或贈與、遺產分配時之時價作為轉讓、贈與或作為遺產分配年度之收益，扣除取得成本，申報課徵所得稅。但如未能提出取得成本之證明文件時，得以轉讓價格30%。

並無相關法令，唯依財政部921001台財稅字第0920455312號令之規定，公司股東依法以技術等無形資產作價抵充出資股款者，該無形資產所抵充出資股款之金額超過其取得成本部分，係屬財產交易所得，應由該股東依所得稅法規定申報課徵所得稅

增僱員工

補助

企業得就每年增僱本國籍員工所支付薪資金額之130%限度內，自增僱當年度營利事業所得額中減除。相關適用事項由行政院定之。(增訂條文第36條之2)

每人每月補助新臺幣一萬元，補助期間以6個月為限；員工為45歲以上者，期間得延長為1年，另補助人數有上限規定。(第11條及促進中小企業創新增僱員工補助辦法第11、12條)

『註』按中小企業認定標準第2條規定，所稱中小企業係指製造業、營造業、礦業及土石採取業實收資本額在新臺幣八千萬元以下者，及除前述規定外之其他行業前一年營業額在新臺幣一億元以下者。

結語:本次修正條文就投資抵減部分中小企業除可選擇研究發展支出金額之抵減率(下稱研發抵減率)15%，並僅於當年度抵減外，又多一選項為研發抵減率10%，並延長抵減年限為3年，而放寬抵扣年限可讓當年度虧損無法享受抵扣稅額的中小企業，仍有機會在未來2年有盈餘時，辦理抵減稅額，較現行產業創新條例投資抵減部分較有彈性。另對於中小企業及個人以智慧財產權讓與未上市、櫃(含興櫃)公司取得技術股部分，與現行法規相較下，可延遲課稅以避免中小企業及個人取得不易變現股票卻面臨繳稅之窘境，而有利於研發成果之流通及應用，同時增進企業以技術入股延攬人才之效力。最後，若中小企業虧損時，可依現行法規增僱員工補助辦法，以取得補助款紓緩公司資金壓力；反之獲利時，選擇有效降低課稅所得額的修正條文方案，企業可靈活運用上述租稅優惠，並藉此增進企業本身之競爭能力。

103.06.04中小企業發展條例部分條文修正案

中華民國一百零三年六月四日總統華總一義字第10300085981號令修正公布第35、40條條文；並增訂第35-1、36-2、36-3條條文；並自公布日施行，但第35、35-1、36-2條條文施行期間自一百零三年五月二十日起十年止

第35條為促進中小企業研發創新，中小企業投資於研究發展之支出，得選擇以下列方式抵減應納營利事業所得稅額，並以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅額百分之三十為限；一經擇定，不得變更：

一、於支出金額百分之十五限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額。

二、於支出金額百分之十限度內，抵減自當年度起三年內各年度應納營利事業所得稅額。

供研究發展、實驗或品質檢驗用之儀器設備，其耐用年數在二年以上者，准按所得稅法固定資產耐用年數表所載年數，縮短二分之一計算折舊；縮短後餘數不滿一年者，不予計算。

第一項投資抵減之適用範圍、申請期限、申請程序、核定機關、施行期限、抵減率及其他相關事項之辦法，由行政院定之。

第35-1條為促進創新研發成果之流通及應用，中小企業以其享有所有權之智慧財產權，讓與非屬上市、上櫃或興櫃公司，所取得之新發行股票，免予計入該企業當年度營利事業所得額課稅。

個人以其享有所有權之智慧財產權，讓與非屬上市、上櫃或興櫃之公司時，該個人所得之新發行股票，免予計入其當年度綜合所得額課稅。

前二項股票於實際轉讓、贈與或作為遺產分配時，應將全部轉讓價格，或贈與、遺產分配時之時價作為該轉讓、贈與或遺產分配年度之收益，並於扣除取得前開股票之相關而尚未認列之費用或成本後，申報課徵所得稅。

前項股票發行公司於辦理前項規定之股票移轉過戶手續時，應於移轉過戶之次日起三十日內，向所在地稅捐稽徵機關申報。發行公司依前項規定應申報而未依限申報、未據實申報或未依限填發規定格式之憑單者，除依限責令補申報及填發憑單外，並按該股票轉讓金額處百分之二十之罰鍰。

中小企業或個人計算第二項及第三項所得時，如無法提出取得成本之證明時，得以其轉讓價格百分之三十計算該股票之取得成本。

第 36-2 條 為因應國際經濟情勢變化，促進國內中小企業投資意願及提升國內就業率，經濟景氣指數達一定情形下，新投資創立或增資擴展之中小企業達一定投資額，增僱一定人數之員工且提高該企業整體薪資給付總額時，得就其每年增僱本國籍員工所支付薪資金額之百分之一百三十限度內，自其增僱當年度營利事業所得額中減除。

中小企業於本條適用期間，不符合前項要件，自不符合要件之年度起，依所得稅法規定計算其營利事業所得額及應納稅額。

第一項經濟景氣指數達一定情形、適用期間、投資額、增僱員工之對象及人數、企業整體薪資給付總額、核定機關、申請期限、申請程序及其他相關事項，由行政院定之。

第36-3條產業創新條例中如有與本條例相同性質之租稅優惠，中小企業僅得擇一適用。

第40條本條例自公布日施行。但第三十五條、第三十五條之一及第三十六條之二施行期間自中華民國一百零三年五月二十日起十年止。

訂定「中小企業增僱員工薪資費用加成減除辦法」

中華民國一百零四年二月六日行政院院臺經字第 1040122674 號令訂定

發布全文 10 條；本辦法施行期間，自一百零三年五月二十日起十年

第 1 條   本辦法依中小企業發展條例（以下簡稱本條例）第三十六條之二第三項規

           定訂定之。

第 2 條   本辦法所稱中小企業，指依法辦理公司或商業登記，並合於中小企業認定

           標準第二條之事業。但不包括所得稅法施行細則第五十六條第一項免課營

           利事業所得稅之小規模營利事業。

           本辦法所稱經濟景氣指數達一定情形，指行政院主計總處按月發布之失業

           率連續六個月高於一定數值，且經中央主管機關認定公告者。

           前項經濟景氣指數達一定情形，中央主管機關自本辦法施行之日起，應每

           二年檢討調整之。

第 3 條   經濟景氣指數達一定情形時，除第九條情形外，自中央主管機關公告生效

           日起連續二年內，中小企業符合本辦法規定增僱本國籍員工者，得申請適

           用本條例第三十六條之二第一項加成減除營利事業所得額之優惠（以下簡

           稱申請優惠）。

           前項優惠適用期間，自中央主管機關公告生效日起至本辦法施行期間屆滿

           之日不足二年者，其申請優惠適用期間至本辦法施行期間屆滿之日止。

第 4 條   申請優惠之中小企業，應符合下列要件：

           一、自中央主管機關公告經濟景氣指數達一定情形之生效日起，依法完成

               公司或商業設立登記或增資變更登記，不包括原企業合併、分割、轉

               讓、或解散而未實質增僱員工者。

           二、新投資創立之實收資本額或增資擴展之增加實收資本額達新臺幣五十

               萬元，且企業淨值應為正值。

           三、當年度自中央主管機關公告經濟景氣指數達一定情形之生效日起，增

               僱二人以上本國籍員工。

           四、當年度本國籍員工勞工保險平均月投保人數較前一會計年度本國籍員

               工勞工保險平均月投保人數增加二人以上；如於會計年度中增僱未滿

               一年者，該會計年度增僱後之經常僱用員工數較增僱前之經常僱用員

               工數增加二人以上。

           五、當年度增僱本國籍員工後之整體薪資給付總額高於比較薪資水準總額

               ；如於會計年度中增僱未滿一年者，其比較薪資水準總額應按增僱期

               間相當全年之比例計算，增僱期間不滿一月者，以一月計算。

          六、增僱本國籍員工之薪資相當或高於當年度中央勞動主管機關公告之基

               本工資。

           於前項第一款公告之生效日起完成公司或商業設立登記者，不受前項第四

           款及第五款規定之限制。

           第一項第四款後段所定經常僱用員工數，以該會計年度增僱時點前後之中

           小企業本國籍員工每月勞工保險平均月投保人數比較之。

           第一項第五款所稱比較薪資水準總額，指前一年度薪資給付總額，加計前

          一年度薪資給付總額乘以基準僱用比例之百分之三十計算之總額；所稱基

           準僱用比例，指當年度增僱本國籍員工人數占前一年底總僱用人數之比例

           。計算公式如下：比較薪資水準總額＝前一年度薪資給付總額＋前一年度

                         當年度增僱本國籍員工人數

           薪資給付總額ｘ────────────ｘ30% 。

           　               前一年度總僱用人數

           第一項第五款之整體薪資給付總額，應符合營利事業所得稅查核準則第七

           十一條規定之範圍為準，但不包含非本國籍員工薪資給付額之部分。

第 5 條   中小企業有下列情形之一者，不得申請優惠：

           一、提供之增僱工作機會，位於中華民國境外。

           二、提供之增僱工作機會，係屬部分工時或定期契約之性質。

           三、屬經營舞廳、舞場、酒家、酒吧、特種咖啡茶室之行業或人力派遣服

               務業。

           四、使用票據經拒絕往來尚未恢復往來，或於最近三年內有欠繳已確定應

               納稅捐情事。

           五、收購他企業之營業或財產而增僱員工，或屬公司法第三百六十九條之

               一所稱關係企業間人員流動之情形。

           六、增僱行為違反民法第一百八十四條、公平交易法第十九條第三款、第

               五款、第二十四條或營業秘密法第十條規定，經主管機關處分確定或

               司法機關判決確定。

           七、最近三年內違反環境保護、勞工、食品安全衛生相關法律且情節重大

               ，經主管機關處分確定或司法機關判決確定。

           中小企業無前項規定情形，應以切結書聲明之。

第 6 條   申請優惠之中小企業，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時依規定

           格式填報，並檢附下列文件，送請公司或商業登記所在地之稅捐稽徵機關

           核定本條例第三十六條之二第一項加成減除營利事業所得稅之數額：

           一、中小企業增僱員工薪資費用加成減除申請表。

           二、公司或商業設立登記或增資變更登記之文件影本。

           三、當年度與前一年度勞工保險投保單位被保險人名冊。

           四、增僱員工之勞工保險被保險人投保資料表及薪資明細資料。

           五、第五條規定之切結書。

           六、其他有關證明文件。

           前項申報表格之格式，由財政部定之。

           中小企業依第一項規定填報之資料如有疏漏，得於所得稅法規定申報期限

           屆滿前補正；屆期未補正者，稅捐稽徵機關得不予受理。

第 7 條   中小企業申請優惠，其薪資費用支出，不包括政府補助款在內，且應以稅

           捐稽徵機關核定數為準。

第 8 條   中小企業有違反環境保護、勞工、食品安全衛生相關法律且情節重大者，

           中央主管機關應依稅捐稽徵法第四十八條第二項規定，通知財政部停止並

           追回其違章行為所屬年度享受本條例第三十六條之二第一項加成減除營利

           事業所得額之優惠待遇。

第 9 條   中央主管機關首次公告經濟景氣指數達一定情形時，優惠適用期間溯及自

           中華民國一百零三年五月二十日起，連續適用二年。

第 10 條   本辦法施行期間，自中華民國一百零三年五月二十日起十年。